追記（2008/02/19）解決です。

remさんからコメントを頂きました。

rem 2008/02/19 10:58
はじめまして、私も同じ現象で困っていたところ大変参考になりました。

%gconf.xmklが書き変わってしまう現象について、私も少し調べてみました。
これはVNCでログインする時、gnomeコントロールパネルがキーボードを検出しようとして、失敗するために起こるそうです。
これを回避するために、gconf-editorを使います。

1.gconf-editorを起動
2./desktop/gnome/peripherals/keyboard/general を選択
3.disable_sysconfig_changed_warning にチェックを入れる

4.念のため、/desktop/gnome/peripherals/keyboard/kbd のoverrideSettings のチェックを外す

これで私の環境ではエラーが表示されることは無くなりました。
参考URL:
http://linuxtidbits.wordpress.com/2007/12/19/gconf-and-keyboard-warnings

こちらこそ大変参考になりました。ありがとうございました。

私も一応、ネットで調べてはいたのだが、ここまではたどり着けなかった。gdmやGNOMEの方を疑っていたので、VNCが原因とは考えつかなかった。

頂いた解法は未だ試していない。と、いうのも（VNCは頻繁に使っているが）最近例の警告メッセージに出会わなくなった。多分、PC（サーバとして使っている）を別室に設置して、アクセスは全てLAN経由（VNCかsshだけ）になったのでキーボードの"競合"が起こらなくなった為かも知れない。今度、あのメッセージに出合ったら是非使わせてもらおう。